Первым реальным (и официально разрешенным) митингом, проведенным Мемориалом в Москве после череды стихийных собраний по сбору подписей, стал июньский митинг 1988 года у Дворца спорта Динамо. Митинг был посвящен памяти жертв политических террора: участники говорили о важности помнить репрессированных и необходимости увековечить память о погибших и выживших, обсуждали концепцию памятника, а также архива, музея и библиотеки, которые сообща хранили бы память о жертвах репрессий.

На митинге собралось около 300 человек, а выступило более 20, среди них — Андрей Сахаров, Сергей Ковалев и другие. Делегатам XIX партийной конференции — ректору Историко-архивного института Юрию Афанасьеву и председателю Союза кинематографистов Элему Климову, которые также были среди выступавших — во время митинга вручили подписи под обращениями в Верховный совет СССР и к делегатам партконференции о строительстве памятника жертвам репрессий. Подписались под этими обращениями около 45 тысяч человек. Подписи были переданы, и уже в июле 1988 вышло Постановление Политбюро Ц К КПСС, одобряющее воздвижение московского памятника «жертвам беззаконий и репрессий, имевших место в годы культа личности».

Параллельно с мемориальцами недавние диссиденты занимались работой в том же направлении. Они не стремились поставить памятник и создать мемориальный комплекс, а проводили семинары, изучали источники по истории государственного террора, продолжая работать в духе сборника «Память».

Осенью 1987 года несколько диссидентов — Лев Тимофеев, Сергей Григорьянц, Аресений Рогинский, Сергей Ковалев, Лариса Богораз и Александр Даниэль — решили организовать международный семинар по гуманитарным проблемам. Подготовка к нему привлекла внимание разных активистов, в том числе и мемориальцев.

В мае 88 года четверо диссидентов: Александр Даниэль, Арсений Рогинский, Лариса Богораз и Сергей Ковалёв пришли в Мемориал на одно из мемориальских заседаний. Их привлекло, что активисты Мемориала, которые изначально были из совершенно разных областей, собрались на этой встрече обсуждать как составлять карточки и опросники для репрессированных и другие архивные вопросы. После нескольких часов дискуссий стало понятно, что состав Мемориала пополнился.

Первую попытку провести учредительную конференцию, то есть начать процедуру получения официального статуса, предприняли осенью 1988 года — её назначили на 29−30 октября. Учредителями Мемориала должны были стать Союз архитекторов СССР, Союз дизайнеров, Союз кинематографистов и журнал «Огонёк» — от них зависела регистрация Мемориала как организации. Когда в Москву на съезд уже ехали люди из регионов, даже из балтийских республик, которые стремились к независимости, союзы-учредители объявили, что, посовещавшись, они решили, что создавать организацию ещё рано. Так съезд в последний момент перестал быть учредительным, что означало, что теперь Мемориал не сможет получить официальный статус. Тем не менее, съезд всё же состоялся, но уже с новым названием — подготовительная конференция.

Два дня подряд на сцене Дома кино представители объединений из разных городов делились своим видением будущего Мемориала, например, целей создания общества, перспектив исторических исследований и необходимых мер, которые обеспечили бы настоящую демократизацию в Советском Союзе. Люди приехали на конференцию по своей воле, были искренне заинтересованы в обсуждении, но могли придерживаться разных взглядов по некоторым вопросам, поэтому иногда градус дискуссии сильно повышался.
Один из спикеров — Юрий Скубко — заявил, что политическая система всё ещё остаётся системой действующего сталинизма. Он предложил свою резолюцию, которая предполагала требования рассекретить все архивы служб госбезопасности, включая КГБ за всё время их существования, жёстко ограничить функции органов госбезопасности, передать здания, «ставшие символами государственного террора», в распоряжение Мемориала, чтобы поместить там части мемориального комплекса, включающего и памятник, и музей, и архив, и библиотеку. В какой-то момент сотрудник Дома кино, в котором проходила конференция, отключил микрофон. Скубко вышел из зала, но на этом история не закончилась — через некоторое время между ним и заместителем председателя Союза кинематографистов Ермаковым началась потасовка.

За два дня участники конференции успели обсудить очень много вопросов: от возможных способов увековечения памяти о терроре и помощи тем, кто от него пострадал, до того, каким образом Мемориал должен участвовать в трансформации государства, чтобы оно стало правовым. Но никаких финальных решений и резолюций по этим пунктам принято не было, в том числе, из-за того, что конференция была всего лишь подготовительной по своему статусу. Основным итогом стала резолюция, в которой зафиксировали механизм проведения настоящей Учредительной конференции в будущем. После конференции в зале Дома кино показали документальный фильм, куда некоторые участники конференции привели своих близких, потому что в широком прокате такое увидеть было нельзя.

В 1988 году с 19 по 26 ноября в Доме Культуры Московского электролампового завода (ДК МЭЛЗ) состоялось первое масштабное мероприятие, посвященное памяти жертв политического террора — «Неделя совести». Изначально задуманная как выставка проектов будущего памятника жертвам политических репрессий, объявление о которой в июле 1988 года появилось в журнале «Огонек», который и стал одним из организаторов «Недели совести», она вышла далеко за рамки только лишь выставки. Все пришедшие в ДК МЭЛЗ в течение восьми дней работы «Недели совести» могли не только посмотреть выставку проектов, но и получить информацию о репрессированных родных в Информационном центре, поделиться своими сведениями и документами, которые потом станут началом архива Мемориала, послушать выступления многих деятелей культуры в концертном зале ДК, найти среди пришедших на мероприятие знакомых. В том числе и на «Стене памяти» — большом, поделенном на условные клетки холсте, придуманном режиссёром Дмитрием Крымовым, который был автором художественного оформления выставки. Этот большой холст был сплошь заполнен фотографиями, документами и сведениями о репрессированных, которые изначально добавляли организаторы выставки, а потом и гости: «Стена» разрасталась, невольно становясь многослойной. Ещё гости выставки могли рассмотреть и большую карту СССР, на которой были отмечены известные на тот момент места заключения, и, так же как и на «Стену памяти», люди могли добавлять известные им места. Под картой располагалась деревянная тачка, в которой гости «Недели совести» оставляли цветы и пожертвования —собранные деньги должны были пойти на создание памятника жертвам политических репрессий, с конкурса проектов которого и начиналась «Неделя совести».

Проекты, отправленные на конкурс и показанные на выставке, были выполнены в большинстве своем не профессионалами, часто самими репрессированными или их родственниками. Среди отправивших проект памятника были и те, кого репрессии не коснулись, но все же им было важно выразить таким образом свое стремление сохранить память о терроре. Подробнее о проектах, отправленных на конкурс, рассказывает онлайн-выставка «Память в проекте». Почти сразу после закрытия «Недели совести», которую посетили около 33 тысяч человек, Министерство культуры СССР объявило ещё один конкурс проектов будущего памятника, но на него, в отличие от объявленного в «Огоньке», предлагалось отправлять проекты только профессиональным художникам, скульпторам и архитекторам. Финансирование этого памятника должно было стать государственным, а не «народным», что шло вразрез с тем целями, которое ставила перед собой Инициативная группа Мемориал, впервые обсуждая концепцию будущего памятника.

Кампания по сбору подписей, уличные выборы в общественный совет Мемориала и публичная дискуссия о государственном терроре привлекли внимание многих. К мемориальцам начали приходить всё новые люди, ведь мало в какой семье не было хотя бы одного репрессированнного, присылали письма с семейными историями, передавали документы.

Конечно, был не только приток людей. Чем больше людей входило в Мемориал, тем больше становилось разных мнений и споров. Многие из тех, кто в 1986—1987 году начинал разговор о памятнике, ушли из движения. Кто-то по идеологическим причинам, а кто-то занялся политикой.

Власти боялись, что группа активистов, сумевшая за короткий срок собрать вокруг себя большое количество людей, может стать политической силой, партией. Поэтому новая попытка зарегистрировать общество снова встретила сопротивление. Но тут вмешался Сахаров.

28 и 29 января 1989 года в ДК МАИ состоялась учредительная конференция. Это было важно для многих участников движения: для дальнейшей работы и памятника должна существовать не группа активистов, а организация.

К этому дню решили выпустить газету «Ведомости Мемориала» для того, чтобы в дальнейшем публиковать там новости общества и статьи. Заключили контракт с издательством «Книга» и подали первый номер на утверждение главного редактора. В этом выпуске должны были быть две важные публикации: предвыборная программа Сахарова и резолюция о возвращении Солженицыну гражданства. И именно они вызвали скандал: редакция отказывалась их публиковать.

На конференцию приехали люди со всего СССР: 462 делегата из 103 городов, выступали Андрей Сахаров, Евгений Евтушенко, Юрий Карякин, Юрий Афанасьев и многие другие. Два дня говорили не только о важности памяти о терроре и центра, который будет постоянно заниматься архивами и исследованиями, но и о том, что памятник должен быть не государственной, а именно гражданской инициативой.

На второй день должен был обсуждаться устав Мемориала, который был опубликован за неделю до съезда в журнале «Огонёк». Текст устава был написан коллективным трудом, но саму его конструкцию придумал Эрнест Аметистов. Предполагалось, что все присутствующие услышат этот текст, предложат при желании свои правки и, как итог всего съезда, примут устав и подпишут его. Но именно спор о том, как и кем будет правиться текст, спровоцировал скандал.

По итогам первого дня конференции, вечером 28 января, редкомиссия собралась, чтобы обсудить повестку на следующий дней: устав. Самодуров настаивал, что устав уже согласован с организациями-учредителями и еще один этап утверждения, по его мнению, грозил катастрофой и хотел сам 29 января провести обсуждения устава, то есть быть председателем редкоммиссии, чтобы обеспечить эти принципы ее работы. Позиция Самодурова не вызвала одобрения у большинства мемориальцев, они предлагали, напротив, рассматривать все предложения и правки, которые поступят от делегатов, этот вопрос начали обсуждать. В ходе споров предварительного заседания редкомиссии одна женщина встала и выкрикнула: «Самодуров провокатор и агент КГБ!». Сначала повисла тишина, но на женщину не обратили особого внимания. После этого Самодуров, окончательно поняв, что его позиция не найдет поддержки, встал из-за стола и вышел из зала. В тот момент никто не воспринял этот жест всерьез, но в итоге один из основателей Мемориала больше никогда не принимал участия в его работе.

29 января прошёл второй день учредительной конференции. Обсуждался и устав, который был принят без единой поправки. Все делегаты получили членство в Мемориале, подписав не только устав, но и документ с нравственным принципами. Всего на съезде было принято 49 резолюций, и устав был одной из них. Внести окончательные правки в эти документы поручили Андрею Сахарову. Движение активистов, которые хотели поставить памятник жертвам репрессий, стало большим учреждённым обществом с отделениями практически во всех регионах СССР.

Еще одной из ранних массовых акций, организованной обществом Мемориал, стал митинг 5 марта 1989 года в Парке Горького. Демонстрация прошла под лозунгом «За последовательную десталинизацию Советского общества».

В начале акции присутствующие почтили минутой молчания всех жертв произвола властей. Вел митинг Лев Пономарёв, он же зачитал резолюции учредительной конференции Мемориала, прошедшей чуть больше месяца назад. Этот митинг был посвящён не только памятнику жертвам политических террора, но и вопросам создания основ правового государства: в резолюции, принятой по его итогам, говорилось о необходимых мерах по сокращению карательного аппарата государства и партии, который все ещё действует: например, в случае разгона Минского митинга 30 октября 1988 года или при аресте членов комитета «Карабах».

Политический террор советского государства по отношению к собственным гражданам был не единственным острым сюжетом, который начали публично обсуждать в годы перестройки. В августе 1989 года в московском Д К Русакова открылась выставка «Дружба, скрепленная кровью», рассказывающая историю подписания пакта Молотова-Риббентропа.

Посетители увидели документы переговоров советской стороны с немецкой об условиях будущего соглашения. Одной из самых важных тем в переговорах было обсуждение вопроса о территориях, которые Германия и СССР поделят между собой по результатам совместных военных операций.

Создатели выставки позвали в свою команду дизайнера, поэтому у неё появилось художественное оформление. Кроме документов показывали сохранившиеся фотографии с переговоров, но документальные свидетельства были не самой впечатляющей частью выставки — среди экспонатов оказались ещё и карикатуры про отношения Сталина и Гитлера и про планы раздела зон влияния, а выставочное пространство было оформлено перекрещёнными свастиками и серпами, которые пришлось снять под угрозой закрытия выставки. Требовать снимать карикатуры никто не стал, и они провисели до самого конца.

Одной из самых запоминающихся акций Мемориала стал митинг, прошедший 30 октября 1989 года, во время которого участники образовали живую цепь вокруг здания тогда еще КГБ на площади Дзержинского и на примыкающих улицах. Эта символическая акция, проведенная по идее и инициативе Мемориала, нашла большую поддержку в обществе. Перед акцией мемориальцы Олег Орлов и Ян Рачинский провели «разведку» вокруг здания органов госбезопасности и на улицах, где предполагалось проводить акцию, рисовали схемы территории для будущей цепи. Во время и после проведения акции ожидать можно было чего угодно: разгрома, посадки участников — и даже того, что сами сотрудники КГБ выйдут из здания и примкнут к цепи и, вспоминая о своих несправедливо осужденных коллегах, станут делать вид, что они тоже часть этого гражданского движения.

Но никаких усилений перед будущей акцией её организаторы не увидели. Не было замечено и недавно созданного ОМОНа. Акция была заявлена на шесть вечера, но люди начали собираться раньше: стояли возле выхода у метро, в сквере напротив Политехнического музея, где ровно через год появится Соловецкий камень, на тротуарах, у магазина «Книжный мир» (нынешний «Библио-глобус»). Организаторы акции зажгли свечи, к ним начали присоединяться и другие участники акции. Живая цепь вокруг КГБ замкнулась.

После окончания акции на Пушкинской площади должен был состояться митинг «Демократического союза», и часть участников цепи отправились туда, в том числе и некоторые из мемориальцев. Этот митинг был уже очень жестко разогнан, на его участников напал отряд милиции особого назначения. Людей били, многие были задержаны. В декабре 1989 года Мемориал проведет пресс-конференцию, посвященную в том числе факту жестокого обращения милиции с участниками митинга.

Впрочем, впервые зарегистрировать Мемориал в январе 1990 года удалось только по образцу регистрации спортивных клубов — так позволял закон о добровольных сообществах, согласно которому регистрировать в качестве добровольных объединений можно было лишь спортивные, филателистические и другие подобные сообщества. Первым официальным названием общества стало «Всесоюзное добровольное историко-просветительское общество Мемориал».

В ноябре 1990 года Моссовет выделил Мемориалу помещение в Малом Каретном переулке. За несколько лет работы, без финансирования и собственного помещения мемориальцам уже удалось уже сформировать фундамент для архива. Кипы бумаг, документов, свидетельств террора, личных воспоминаний — теперь, когда появилась возможность, нужно было срочно всё это оформлять и архивировать. Всё время говорили про личные карточки репрессированных, про важность заполнения анкет на каждого персонажа и систематизации документов. Началась работа над картотекой, архив приступил к обработке фондов. Тут же разработали и опросник для репрессированных и их родственников.

Параллельно внутри возник другой, не менее важный архив: архив диссидентского движения, в котором собирался самиздат. Возникла и библиотека: кто-то из-за границы присылал тамиздат, который начал заполнять стеллажи, часть домашних коллекций мемориальцев тоже пополняла полки.

В конце апреля 1990 года, незадолго до первомайской демонстрации, в Москву приезжал один из представителей китайского руководства, жестоко подавившего в июне 1989 протесты на площади Тяньаньмэнь, Ли Пэн. Мемориальцы вышли на пикет против его визита. Зная, что он будет возлагать цветы к Могиле Неизвестного Солдата, пикет было решено проводить поблизости. О пикете заявили заранее. В день пикета его участники вышли на другой стороне Красной площади, к гостинице Националь, и когда подъехал кортеж, подняли свои плакаты. Участников пикета быстро схватили и отправили в отделение милиции, где они просидели несколько часов.

С флагами решено было выйти на грядущей первомайской демонстрации на Красной площади: она в 1990 году отличалась от всех прошедших в этот день за годы советской власти, так как впервые руководством страны было разрешено принять участие в демонстрации не только представителям «официальных» профсоюзов, но и оппозиции. Среди последних был и Мемориал, образовавший в шествии на Красную площадь отдельную колонну. Благодаря связям удалось раздобыть множество литовских флагов. Колонна Мемориала и несколько других собирались на демонстрацию у Белорусского вокзала. Со стороны Манежа и Охотного ряда к ним примкнули и другие ее участники. Кроме литовских флагов участники мемориальской колонны несли и транспаранты с лозунгами, осуждающими сталинизм и призывающими к памяти о жертвах политического террора. Начав движение по Красной площади после окончания «официальной» части, демонстранты остановились напротив мавзолея, на трибуне которого все еще стояли Горбачев и другие представители власти. Кто-то из мемориальцев, среди них бывшие политзаключенные, шли сами впереди, за ними — участники колонны Мемориала с литовскими флагами. Последние оказались прямо напротив мавзолея, стали размахивать флагами и кричать «За независимость Литвы!», «Позор!». Другие участники из оппозиции также выкрикивали различные лозунги, среди которых все чаще звучал в разных вариациях лозунг «Долой!».

Узнать о периоде массового террора можно было не только из рассказов бывших заключённых и архивных документов — по всему СССР оставались те самые места, в которых всё происходило. Естественным образом появилась идея ездить в экспедиции, чтобы увидеть сохранившиеся следы, но сделать это было не совсем просто, потому что доступ в некоторые места без специального разрешения был закрыт.
Сотрудники московского и ленинградского Мемориала решили поехать в самый ранний лагерь ГУЛАГа — на Соловки — и это был тот самый случай, когда потребовалось добиваться разрешения. Но история закончилась успешно: разрешение они получили.

До экспедиции Соловки оставались закрытой территорией, но организаторам поездки удалось договориться даже на церковную службу, которая состоялась там впервые с момента ликвидации монастыря. С этой экспедиции началось новое освоение Соловков, в том числе возрождение монастыря.

По результатам двух объявленных конкурсов проектов памятника жертвам политических репрессий лучший проект памятника так и не был выбран. Но идея установить такой памятник в Москве среди мемориальцев не исчезла: в итоге им стал большой гранитный камень, доставленный с территории Соловецкого лагеря по инициативе Мемориала. Местом для его установки, которое одобрил и Моссовет, стал сквер перед Политехническим музеем на нынешней Лубянской площади, напротив здания КГБ. Памятник, посвящённый всем жертвам советской власти, открылся 30 октября 1990 года. К открытию памятника был приурочен и митинг, на который пришли около десяти тысяч человек. В руках многих были свечи, плакаты, цветы, транспаранты с лозунгами, а еще — фотографии репрессированных родных и близких, таблички с названиями лагерей. Выступали многие известные люди, бывшие политзаключенные и диссиденты. После открытия памятника площадка возле него стала традиционным местом проведения и многих других митингов, а с 2007 года каждое 29 октября возле Соловецкого камня проводится акция «Возвращение имен», во время которой зачитываются имена расстрелянных в годы Большого террора москвичей. Люди, пришедшие на акцию, добавляют и свои имена имена родных, близких, знакомых, также пострадавших от репрессий.

В конце концов про Петрова рассказали тем, кто занимался исторической работой в Мемориале, и его пригласили в команду. С этого момента он начал заниматься семинарами, посвящёнными своей теме исследований, об этом узнали в регионах, и в Мемориал начали приходить письма с новыми именами. В это же время Петров давал интервью о своей работе иностранным журналистам.

В сентябре 1989 года Петрова пригласили на Лубянку: на столе лежали коробки с его распечатками, изъятыми когда-то при обыске — неожиданным образом в КГБ решили вернуть их владельцу.

Всю поездку Леонов и Орлов записывали то, что удавалось узнать, в записные книжки и очень боялись, что их найдут и отберут при выезде, но никто ничего не отобрал. В Москве они начали готовить тексты на основе своих записей для распространения и публичного обсуждения происходящего. Позже выяснилось, что часть информации, которую им сообщали местные жители, оказалась ложной, но всё-таки это касалось только отдельных деталей, которые не искажали общую оценку. После первой экспедиции началась регулярная работа в Карабахе, и уже через год вышел подробный отчёт о происходящем в зоне конфликта, в котором правозащитники описали случаи убийств мирного населения, депортаций армян из Карабаха с применением насилия, мародёрства и жестокости со стороны сотрудников ОМОНа, которых изначально присылали в зону конфликта, чтобы его урегулировать.

С этой экспедиции началась история создания специальной программы «Горячие точки», которая существует в Правозащитном центре Мемориал до сих пор.